Sarı-lacivertli kulüpten yapılan açıklamada, Alper'in 30 Haziran 2022'ye kadar mukavelesi bulunduğu hatırlatılarak, "Alper Potuk'la yapılan görüşmeler neticesinde sözleşmemiz karşılıklı olarak feshedilmiştir. Kendisine, geldiği günden bu yana takımımıza verdiği hizmetlerden dolayı teşekkür eder, bundan sonraki kariyerinde başarılar dileriz." denildi.

Fenerbahçe'ye 2013 yazında Eskişehirspor'dan 6 milyon 250 bin avro ve  Orhan Şam ile Henry Bienvenu'nun takası karşılığı gelen Alper, sarı-lacivertli ekipte birer Süper Lig ve Türkiye Kupası şampiyonluğu yaşadı.